Милорад Додик, тада премијер Републике Српске, и Драган Чавић, тада предсједник Српске, 10. августа 2006. године заједнички су поднијели кривичну пријаву против ратног команданта такозване Армије БиХ Атифа Дудаковића због ратних злочина.
Телевизије у Републици Српској и Србији, приказале су 7. августа 2007. године снимак на којем се види како Дудаковић наређује спаљивање српских села током акције која је трајала од 14. до 17. септембра 1995. године.
Дудаковић, од преласка из ЈНА, гдје је напредовао до чина потпуковника и функције команданта дивизиона у Kнину, када је био близак сарадник каснијег команданта Главног штаба Војске Републике Српске Ратка Младића, постаје прво командир чете, а затим и командант Друге бошњачко-хрватске пјешадијске бригаде.
Уз помоћ Оружаних снага Хрватске, те учешће авијације НАТО-а, Дудаковићеве јединице су током злочиначке хрватске војно-полицијске акције „Олуја“ заузеле околна српска мјеста, те напале снаге Аутономне Покрајине Западна Босна, лојалне Фикрету Абдићу.
Постоје непобитни докази да је током војних акција Дудаковић наређивао убиства заробљеника и паљење српских села.
Дудаковић је и прије „Олује“ издавао злочиначка наредбе. Тако постоји снимак, на којем 14. априла 1995. године издаје наређење: „Пробој се мора извршити. Побити све што се испред вас нађе. Жао ми је што немате ножева… Одобравам и наређујем да се напријатељ уништи свим средствима. Ножем, бомбом, чакијом, зубима, удавити… Све имате право“.
У августу 1995. године, током „Олује“, под Дудаковићевом командом извршено је пресијецање повлачења српских избјеглица из Републике Српске Kрајине и почињена су убиства заробљених Срба на простору општине Двор, у тадашњој Републици Српској Kрајини.
Атиф Дудаковић командовао је и нападом на заподнокрајишке општине Републике Српске /Петровац, Kрупа, Сански Мост, Kључ и Мркоњић Град/ у јесен 1995. године, када су убијена 892 српска цивила и војника, прогнано 120.000 Срба и спаљено више од 30 села. И о злочинима у овој акцији постоје видео-снимци.
Након рата, Дудаковић је био командант Заједничке команде Војске Федерације БиХ.
Против њега је тек 2018. године подигнута оптужница за тешке злочине над српским цивилима, а суђење и даље траје.
