Директор Института за стратегијске студије у Вашингтону Грегори Копли, 2. октобра 2003. године, изнио је у јавности доказе о повезаности Алије Изетбеговића, ратног лидера босанских муслимана, са „Ал каидом“.
Био је то један у низу навода о везама ратних сарајевских власти са муслиманским терористима и фанатицима из свијета.
„Шпигл“ је писао да је током рата у БиХ, лидер „Ал каиде“ Осама бин Ладен боравио на Балкану бар у два наврата.
Према овим наводима, Осама је тада боравио у Сарајеву и у Тирани.
Сусрет Бин Ладена и Изетбеговића, открила је новинарка „Шпигла“, која је пред Изетбеговићевом канцеларијом налетјела на Осаму.
Он јој је том приликом дао визиткарту, те јој рекао како доводи муслиманске добровољце у тадашњу БиХ, чији има пасош. Наводно је током сусрета Изетбеговића и Бин Ладена снимљена и фотографија.
Према тим наводима, амбасада тадашње БиХ у Бечу, издала је пасош Бин Ладену 1993. године, а скандал у вези са тим избио је након терористичких напада „Ал каиде“ на Њујорк и Пентагон 11. септембра 2001. године, а онда је уништена цијела документација о овом скандалу.
О улози Осаме бин Ладена писао је и магазин „Цајтеншрифт“, у тексту под насловом „Бин Ладен у Сарајеву“ од 11. септембра 2004. године.
Тада је објављена прича о томе да је главноосумњичени за нападе на Њујорк и Вашингтон, био савезник НАТО-а на Балкану у вријеме ратова током деведесетих година прошлог вијека.
Према свједочењу бившег оперативца „Ал каиде“ Алија Хамада, оперативци ове терористичке организације долазили су током рата у БиХ и били под „државном заштитом“.
Американци и Саудијци оптуживали су Изетбеговићеву владу за давање путних исправа терористима, пренио је портал „Кродекс“.
У априлу 2008. године, медијатор дејтонских преговора Ричард Холбрук, изјавио је да би, „да није било Дејтонског мировног споразума, 11. септембар вјероватно био испланиран у Босни, а не у Авганистану“.
