У писаним изворима први пут се помиње у 15. вијеку.
Са именом манастира Ступља се први пут срећемо у запису из Крушевског поменика, заправо поменику манастира Добруна, који је изгорио у пожару Народне библиотеке у Београду 6. априла 1941. године. У њему се имена монаха из Ступља помињу заједно са монасима манстира Липља и то у дијелу Поменика који се датује у другу половину 15. вијека. Након записа имена ступљанских монаха у поменик манастира Добруна код Вишеграда први сљедећи нама познати податак о овом манастиру потиче из 1629. године. Тада је у Ступљу, у манастиру Светог архистратига Михаила ”званом Ступа”, преписан манастирски Типик ”…у вријеме понизног игумана господина Георгија…” у вријеме босанског митрополита Исаије и Пећког патријарха Пајсија.
Ко су му били ктитори и када је заправо настало Ступље – питања су на која за сада нема прецизног одговора.
Владавина српског краља Драгутина над овим крајевима на крају 13. и у првим деценијама 14. вијека дала је повода народном казивању, према којем су готово сви сјевернобосански манастири његове задужбине. Међутим, писана свједочанства о евентуалним задужбинама овог владара на простору између Дрине и Врбаса, за сада нису позната.
У Ступљу се од средине 15. до краја 17 вијека одвија организован монашки живот, а најпоузданији доказ за то је већи број рукописних књига, насталих у Ступљу, које су се након Велике сеобе, како свједоче на почетку наведени записи, обрели преко Саве, на аустријској територији, у манастиро Ораховици.
За калиграфско преписивање и украшавање типика, панегирика, октоиха и ко зна колико још непобројаних, у сеобама и страдањима несталих псалтира, јеванђеља, отачника, требало је много писмених, вјештих и трудољубивих калуђерских руку. Сачувани рукописи само дају основу за претпоставку о неколикко пута бројнијем фонду данас уништених рукописа, а број њихових преписивача несумњиво је свједочанство о бар десетак пута већем броју монаха у манастиру током његове снажне активности у 16. и 17. вијеку.
Све до 1994. године манастир Ступље је у науци био познат само као појам из историјских извора, смјештен неодређено на непознату локацију у широј околини Теслића. Како се у два од пет постојећих помена Ступља оно среће заједно са поменом манастира Липља, то је увријежена претпоставка да су се ова два манастира налазила недалеко један од другог и да је током вијекова њиховог трајања постојала непрестана жива веза између њихових братстава. Стога се све до марта 1994. године, када су прецизно убицирани остаци манастира Ступља, на основу заједничког помињања у изворима, претпостављало да се он налазио негђе у близини Липља, што се показало оправданим. Заиста, локалитет Црквиште, на којем су откопани темељи цркве, а три године потом и конака и других пратећих зграда манастирског комплекса Ступља, удаљен је 12 километара вазду шном линијом од Липља, до којег води око 20 километара макадамског пута уз ток ријеке Укрине.
Завод за заштиту културно историјског и природног насљеђа Републике Српске је манастир Ступље регистровао као споменик културе, пише „СееСрпска“.
